El personaje principal es Battler Ushiromiya, hijo del tercer hijo de Kinzo. Battler no ha estado en la isla ni en la coferencia anual desde seis años antes del comienzo de la historia, ya que ha estado viviendo con sus abuelos maternos porque, tras la muerte de su madre, su padre Rudolf Ushiromiya se casó rápidamente con su segunda esposa, Kyrie. Tras la muerte de sus dos abuelos, Battler decidió volver con Rudolf, Kyrie y sus media hermana Ange. Una vez en la isla, Battler vuelve a oir la historia de la bruja dorada Beatrice quien se supone que vive oculta en el bosque de la isla. Bajo su retrato en el hall de la casa, yace un acertijo que se supone que indica el lugar en el que Kinzo esconde diez toneladas de oro que Beatrice le dio para salvar a la familia Ushiromiya tras el gran terremoto de Kanto de 1923. Se dice que la persona que consiga resolver el acertijo de la bruja recibirá todo el oro y se convertirá en el legítimo sucesor de la familia.
Una vez azotados por el tifón, un sombrío juego comienza, comenzando con la muerte de seis personas. Si el acertijo de la bruja no es resuelto, gente continuará muriendo siguiendo el acertijo hasta que, finalmente, la bruja reviva. Tras todo esto, Battler se convierte en la única persona con vida que no cree en la bruja o en la magia así que la puerta hacia la Villa Dorada (Como se estipulaba en el acertijo) no se puede abrir. A partir de entonces, Battler y Beatrice se sumerjen en un juego en el que Battler deberá probar que todos los asesinatos que han ocurrido y ocurrirán en Rokkenjima han sido hechos por un humano mientras Beatrice lo explica todo mediante magia y brujas. Uno de los elementos recurrentes en el juego es el uso de la habitación cerrada por parte de Beatrice para confundir a Battler y los argumentos de lógica que se presentan para explicarlos como la probatio diabolica, el cuervo de Hempel o paradoja del cuervo y el gato en la caja de Schrödinger. Si Beatrice consigue hacer que Battler se rinda y acepte a las brujas, es su victoria; si Battler consigue darle a todo una explicación con un culpable humano, es la suya.
